La Ley Núm. 1 de 1966, reestructura a la Universidad. La convierte en un sistema de tres recintos universitarios —Río Piedras, Mayagüez y Ciencias Médicas— y una administración de colegios regionales para agrupar a aquellos que pudiesen crearse en el futuro, bajo la dirección de un Presidente. Crea una Junta Universitaria con representación de los recintos y colegios regionales, y cambia el nombre de la junta de gobierno a Consejo de Educación Superior.