El análisis del ambiente interno provee información vital para el proceso de planificación estratégica. Permite identificar las fortalezas y debilidades de la institución, para relacionarlas con las oportunidades y retos que enfrenta. Las fortalezas y debilidades se refieren a las capacidades que tiene la organización al momento del análisis, mientras que las oportunidades y retos se refieren a las características del ambiente externo relevantes para la institución. Los elementos internos y externos están íntimamente relacionados entre sí y el análisis de su vinculación permite identificar los asuntos estratégicos que la institución debe atender. Se espera que los asuntos estratégicos tomen ventaja de las fortalezas y oportunidades mientras minimizan o superan las debilidades o retos (Bryson, 2011).
El análisis del ambiente interno se llevó a cabo a partir de dos procesos articulados:
(1) Evaluación de los indicadores de logros de la Agenda para la Planificación de la Universidad de Puerto Rico 2006-2016, Diez para la Década, que incluyó el análisis ponderado y consensuado de estos indicadores desde la perspectiva de un grupo de expertos en evaluación y planificación institucional de la UPR, constituido por representantes de las Oficinas de Planificación e Investigación Institucional (OPII) de las once unidades del Sistema de la UPR y (2) Exploración de la perspectiva de la comunidad de la UPR, en función de los hallazgos obtenidos de una encuesta realizada a sectores de la comunidad. Otros aspectos considerados están relacionados a las acciones dirigidas a la optimización de los recursos que la Universidad tiene disponibles, en acorde con las disposiciones para alcanzar una reestructuración académica y administrativa estructurada y eficiente, según establece la Certificación Núm. 145 (2014-2015) de la Junta de Gobierno. En la etapa final de este proceso se recibió el Informe del estudio encomendado por la Junta de Gobierno a la Association of Governing Boards of Universities and Colleges (AGB) titulado Building a Sustainable University System: A Program of Change for the University of Puerto Rico (2016). Este informe constituye una referencia adicional disponible para la comunidad universitaria. El proceso de análisis del ambiente interno fue iniciado por CEPE en agosto del 2015 y culminó en febrero de 2016 con la identificación de los asuntos estratégicos y la revisión posterior del alineamiento de los asuntos estratégicos con las metas y objetivos.