{"id":19849,"date":"2018-03-16T15:46:56","date_gmt":"2018-03-16T19:46:56","guid":{"rendered":"https:\/\/www.upr.edu\/?p=19849"},"modified":"2018-03-16T15:59:50","modified_gmt":"2018-03-16T19:59:50","slug":"rum-dirige-estudio-genomico-del-solenodonte-mamifero-que-coexistio-con-los-dinosauros","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.upr.edu\/ac\/rum-dirige-estudio-genomico-del-solenodonte-mamifero-que-coexistio-con-los-dinosauros\/","title":{"rendered":"RUM dirige estudio gen\u00f3mico del solenodonte, mam\u00edfero que coexisti\u00f3 con los dinosauros"},"content":{"rendered":"

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El doctor Tar\u00e1s K. Oleksyk, catedr\u00e1tico de Biolog\u00eda del Recinto Universitario de Mayag\u00fcez (RUM) de la Universidad de Puerto Rico (UPR), fue el l\u00edder de un equipo internacional que llev\u00f3 a cabo la secuenciaci\u00f3n del genoma del solenodonte de La Espa\u00f1ola (Solenodon paradoxus) <\/em>y el an\u00e1lisis de los datos obtenidos de esta especie en peligro de extinci\u00f3n.<\/p>\n

Los resultados de la investigaci\u00f3n se publicaron hoy en la prestigiosa revista de libre acceso GigaScience, <\/em>cuyo autor principal es el estudiante de maestr\u00eda del Departamento de Biolog\u00eda,\u00a0 Kirill Grigorev, quien junto a sus mentores, Oleksyk y el doctor Juan Carlos Mart\u00ednez Cruzado, coordinadores del Centro Gen\u00f3mico del Caribe del RUM, se integr\u00f3 en el importante estudio.<\/p>\n

Precisamente, el proyecto result\u00f3 ganador del primer premio que otorg\u00f3 la mencionada revista durante la conferencia internacional gen\u00f3mica que se efectu\u00f3 el pasado a\u00f1o en Shenzhen, China.<\/p>\n

\u00abHemos confirmado la fecha temprana de especiaci\u00f3n para el solenodonte (74 millones de a\u00f1os) y esto representa una gran contribuci\u00f3n al debate sobre si este animal sobrevivi\u00f3, de hecho, al impacto de asteroides en el Caribe que caus\u00f3 la desaparici\u00f3n de los dinosaurios hace 65 millones de a\u00f1os. Me siento muy honrado de que me hayan brindado la oportunidad de liderar un gran equipo internacional, junto a la colaboraci\u00f3n tanto de colegas como de estudiantes del RUM. De esta forma, desde el recinto mayag\u00fcezano de la UPR formamos parte de una investigaci\u00f3n de vanguardia que podr\u00eda propiciar m\u00e1s hallazgos gen\u00f3micos\u00bb, indic\u00f3 Oleksyk.<\/p>\n

\u00abEste estudio puede abrir las puertas a muchos otros. Siempre hemos supuesto que este es solamente uno de los muchos pasos que ayudar\u00e1n a los esfuerzos de investigaci\u00f3n, educaci\u00f3n y conservaci\u00f3n en la Rep\u00fablica Dominicana\u00bb, agreg\u00f3, por su parte,\u00a0 Mart\u00ednez Cruzado.<\/p>\n

Precisamente, el solenodonte est\u00e1 aislado no solo gen\u00e9tica, sino tambi\u00e9n geogr\u00e1ficamente.\u00a0 Esta especie en alto peligro de extinci\u00f3n, sobrevive solo en algunos rincones de las islas caribe\u00f1as de Cuba y La Espa\u00f1ola.\u00a0 Su estilo de vida nocturno lo hace a\u00fan m\u00e1s dif\u00edcil de encontrar y, por lo tanto, ha sido muy poco estudiado. Fue crucial para los investigadores colaborar con expertos locales del Instituto Tecnol\u00f3gico de Santo Domingo y de la Universidad Aut\u00f3noma de Santo Domingo, as\u00ed como con gu\u00edas locales que les ayudaron a seguirles la pista y lograr extraer las muestras de sangre.<\/p>\n

\u00abLlevar a cabo investigaci\u00f3n gen\u00f3mica en partes remotas del Caribe siempre ha sido un desaf\u00edo, pues las dificultades en el transporte de ADN hasta el laboratorio afectan su calidad. Debido a las limitaciones causadas por un ADN de baja calidad, as\u00ed como un presupuesto limitado, el laboratorio comercial utilizado para llevar a cabo la secuenciaci\u00f3n produjo una cobertura gen\u00f3mica muy baja por animal. De manera, que tuvimos que pensar en nuevos enfoques para ensamblar el genoma y se combinaron los datos gen\u00f3micos de los cinco animales secuenciados en baja cobertura para aumentar la cobertura\u00bb, narr\u00f3 Oleksyk.<\/p>\n

Por su parte, Grigorev agreg\u00f3 que la estrategia funcion\u00f3 mejor de lo esperado, especialmente cuando se combin\u00f3 con una segunda estrategia: el uso de un enfoque simple de gr\u00e1ficas de cadena para ensamblar el genoma en lugar del m\u00e9todo m\u00e1s est\u00e1ndar conocido como gr\u00e1ficas de Bruijn<\/em>.<\/p>\n

\u00abLas gr\u00e1ficas de cadenas tienen la capacidad de incorporar m\u00e1s datos de la secuencia gen\u00f3mica que las gr\u00e1ficas de Bruijn<\/em>. Esta nueva t\u00e9cnica anal\u00edtica aplicada ofreci\u00f3 una alternativa de bajo presupuesto para el ensamblaje del genoma cuando este pertenece a una especie en peligro de extinci\u00f3n, pues estas raras veces producen muestras de buena calidad, pero a su vez portan genomas de baja diversidad\u00bb, afirm\u00f3.<\/p>\n

El autor principal del art\u00edculo cient\u00edfico explic\u00f3 \u00abque la parte m\u00e1s interesante de esta investigaci\u00f3n fue el desaf\u00edo de producir un genoma ensamblado de novo<\/em> (sin utilizar ning\u00fan otro genoma como referencia) \u00fatil para la gen\u00f3mica comparativa, utilizando una cantidad de datos de secuenciaci\u00f3n mucho menor que en otros proyectos similares\u00bb.<\/p>\n

Para el RUM, este logro representa la validaci\u00f3n del rol que tiene la universidad en el quehacer cient\u00edfico, tanto a nivel local como internacional.<\/p>\n

\u00abUna vez m\u00e1s, nuestros profesores y estudiantes brillan a nivel mundial al dejar huellas en importantes investigaciones de punta de lanza. Nos llena de mucho orgullo estos logros y nos sentimos muy honrados de que colegiales se integren en estos proyectos de gran envergadura y alcance cient\u00edfico\u00bb, indic\u00f3 la rectora interina del RUM, Wilma Santiago Gabrielini.[\/vc_column_text][vc_empty_space]

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