La Universidad reitera su misión de formar los profesionales que el país necesita desde los estándares más rigurosos en programas acreditados, para lo cual se somete, voluntariamente, a las evaluaciones externas más rigurosas para cada uno de sus programas susceptibles de acreditación. Los procesos de acreditación, a su vez, están vinculados a los de avalúo, planificación y presupuesto, asegurando, de esta forma, que los recursos se dirijan a fortalecer los programas académicos y de investigación.

La Universidad ha sostenido su iniciativa de acreditación profesional y especializada para fortalecer sus programas y servicios. En el año académico 2003-2004, como parte de su Proyecto de Centenario, se aprobó una política institucional para que los programas y servicios susceptibles de acreditación que aún no estuvieran acreditados se sometieran a dicho proceso. Para ese momento todos los programas de profesiones de la salud en el Recinto de Ciencias Médicas estaban acreditados. El proyecto de acreditación iniciado en el 2003-2004 incluyó a los programas académicos de Administración de Empresas, Preparación de Maestros, Computación, Tecnologías de Ingeniería, Química, Tecnología Automotriz, Artes Gráficas, Diseño de Interiores, Comunicaciones y Justicia Criminal, entre otros. Además, se acreditan servicios como museos, departamentos de orientación y consejería, bibliotecas y centros de desarrollo preescolar. Una vez lograda la acreditación, cada programa o servicio debe ser reevaluado periódicamente para mantener su acreditación.

El 58% de los ofrecimientos académicos de la UPR son susceptibles a la acreditación profesional o especializada y actualmente el 88% están acreditados. Estos indicadores demuestran que la institución se acerca con determinación a su meta de obtener y mantener la acreditación profesional de todos sus programas de estudio, para los cuales hay acreditación disponible.

La acreditación y el reconocimiento que ofrecen las agencias acreditadoras nacionales e internacionales aseguran que la UPR le provee a sus estudiantes una preparación académica competitiva. El sistema de la Universidad de Puerto Rico es la única institución de educación superior en Puerto Rico, además de ser uno de los líderes entre los sistemas universitarios públicos de Estados Unidos, en lograr la acreditación de todos los programas de preparación de maestros y profesionales de la educación por el National Council for Accreditation of Teacher Education (NCATE).  Igualmente, todas sus bibliotecas ostentan la certificación de la American Library Association. La UPR aloja a la primera escuela hotelera de la Isla en haber sido acreditada por la Accreditation Commission for Programs in Hospitality Administration (ACPHA). La acreditación del Museo de Historia, Antropología y Arte en el Recinto de Río Piedras representa el primer museo universitario en Puerto Rico en lograr dicho reconocimiento, y es el tercer museo acreditado en la Isla.